Als Tonnagesteuer wird die „Gewinnermittlung bei Handelsschiffen im internationalen Verkehr“ gem. § 5a EStG ➚ bezeichnet, da sich der Gewinn aus dem Betrieb der Schiffe nach der Nettotonnage des Schiffes bemisst. Die üblichen Gewinnermittlungsvorschriften greifen nicht, wenn der Antrag auf diese Form der Gewinnermittlung gestellt wird.
Bei dieser Vorschrift handelt es sich um eine Pauschalierung. In Jahren mit Verlusten ist demzufolge dennoch eine Steuer nach dieser Norm fällig.
In der Phase der Einführung der Tonnagesteuer basierten viele geschlossene Schifffonds auf der Geltendmachung der Verluste während der Bauphase und der späteren Besteuerung der Gewinne im Rahmen der Tonnagesteuer.